这一阶段对地理文献的整理和研究常与对西北历史地理的研究结合在一起。李并成《敦煌遗书中地理书卷的学术价值》（《地理研究》1992年3期），全面阐述了敦煌地理文书对历史地理学的重要价值。郑炳林《敦煌地理文书汇辑校注》（甘肃教育出版社，1989年），收集该类文献比较齐全，注释亦详，以辑录相关文书较多为其特色。他在此基础上还撰写了探讨古代敦煌道路、山名等问题的系列论文。王仲荦对一批地理文献逐篇进行考释，其成果经郑宜秀整理编成《敦煌石室地志残卷考释》（上海古籍出版社，1993年）一书，其考释以征引史籍文献繁富为学界称道。以上两书的录文都有进一步提高的余地。季羡林等《大唐西城记校注》（中华书局，1985年），充分利用了敦煌文献中的《大唐西域记》残卷。周绍良《读《沙州图经》卷子》（《敦煌研究》1987年2期），考察了其中之"歌谣"反映的史迹。黄盛璋《《西天路竟》笺证》（《敦煌学辑刊》1984年2期）等文，对该件所记地名进行了考释。黄氏还对沙州曹氏归义军的军镇进行过探讨。陈国灿《唐五代瓜沙归义军军镇的演变》（《敦煌吐鲁番文书初探》2编，武汉大学出版社，1990年），对唐五代瓜、沙地区军镇的职能、演变、位址等做了全面考察。他还对敦煌四出道路作过探讨。程喜霖《唐《西州图经》残卷道路考》（《敦煌吐鲁番文书初探》2编），结合史籍对《西州图经》所记道路进行了考证。宁欣《唐代敦煌地区水利问题初探》（《敦煌吐鲁番文献研究论集》3辑，北京大学出版社，1986年），依据敦煌文献对敦煌地区的水渠和对水渠的管理等问题进行了探索。通过实地踏勘的方式对地理文书与其它文书史籍记载的瓜、沙地区古城、关、道路、驿站、渠道等进行调查考证，在这一时期取得了很大进展。在这方面以李并成和李正宇取得的成绩最为显著。李并成发表的有关系列论文和《河西走廊历史地理》（甘肃人民出版社，1995年），调查考证的范围包括古城址、玉门关址、军镇和戍址、驿址、古道路、水系等，并对古代瓜、沙与河西的开发史和绿洲变迁、沙漠化等具有现实意义的问题进行了探索。李正宇调查考证了敦煌的古塞城和唐宋时期敦煌县的疆域、四至、绿洲范围、耕植面积、水利灌溉网络、诸山位置等，绘制出了敦煌塞城、唐宋时期敦煌十二乡位置及渠系分布示意图、五代沙州归义军辖境诸山位置关系图。李正宇有关敦煌历史地理的研究成果多被收入《敦煌史地新论》（新文生出版公司，1996年）。

利用敦煌文献研究唐代官制在这一阶段也取得了重要成果。王永兴《唐勾检制研究》（上海古籍出版社，1991年）及相关系列论文，依据史籍中有关唐代勾官和勾检制度的记载，结合敦煌、吐鲁番文书中的勾官进行勾检的实际记录，全面考察了唐代上自中央、下到地方的勾检制及其实行情况，填补了唐官制研究的一项空白。薄小莹、马小红亦曾对唐代勾检制进行过讨论。