由于德国吐鲁番考察队最早的发起者和组织者是柏林民俗学博物馆，所以四次考察队所获文献文物最初入藏于该馆。但这批文物命运多桀，流散十分严重。
1943年11月—1945年1月期间，正值第二次世界大战。柏林民俗学博物馆遭受了盟军轰炸机的袭击不下七次，博物馆的主建筑，其地点，现正位于柏林墙附近，被炸成了一片瓦砾场。其实，早在柏林民俗博物馆被袭之前，为防止这批文物遭到战争破坏，那些比较容易移动的收集品就已被搬出了博物馆，并被放入认为是比较安全的地堡和矿井中，甚至有一些被沉入护城河中。但是令人非常可惜的是文物的撤退工作刚开始不久,柏林被攻陷了，文物的搬运工作也随之停止了。据估计，丝路收集品中的大约有60%在博物馆遭受轰炸前被搬出保护起来，那些大型的壁画，因为已经用水泥牢牢地固定在了墙上，根本无法取下来，博物馆的工作人员所能做的只能是把他们用铁皮罩子或沙袋严严实实的遮盖起来，以期能起到保护作用，但这一切纯属徒劳。就这样，勒考克和巴图斯从中国切割下来又历经千辛万苦带到这儿的28幅壁画，其中大部分是从伯孜克里克带来的公元9世纪的杰作，全部化为灰烬。德国中亚文物收集品在二战期间最少损失达40%。即使在柏林民俗学博物馆搬运转移中也有所散轶。据彼得·霍普科克讲：苏联红军在攻陷柏林后，曾在护城河中打捞出五箱文物，并在动物园一个地堡中搜出至少有10箱中亚文物，这些文物一并被运往苏联，从此杳无音信，并且再也没有出现过。这是德国收集品损失最严重的一次，以至于具体数目根本无法精确计算，后人只有根据以后的情况，做出大概的估计。
其实，这也不是德国收集品的最早流散。1928—1933年间，德国民俗学博物馆就邀请精通回鹘文的土耳其学者阿合买提·阿拉特（Resid Rahmeti）拉特（Resid Rahmeti）对考察队所获回鹘文献进行整理研究工作，他由此而获得了一批吐鲁番出土的汉文、回鹘文文献资料。后来，他将以汉文为主的文献资料卖给同样在柏林从事德国收集品汉文研究的日本学者山口常顺，而将以回鹘文为主的文献资料带回了土耳其，不久即入藏伊斯坦布尔大学图书馆。后该批资料经该馆馆员奥斯曼·谢特卡亚（Osman Serkaya）与日本回鹘文专家百济康义曾经编纂成《伊斯坦布尔大学所藏中亚出土残卷目录初稿》。
日本学者山口常顺从土尔其学者阿合买提·阿拉特处购得的一百多件（片）吐鲁番出土文献，连同他在德国研究时所得德国的一些吐鲁番收集品，入藏于日本四天王寺，寺址在日本大阪。由此我们得知，德国吐鲁吐鲁番收集品，除德国吐鲁以外，有一部分已流散到前苏联、日本、土尔其，并且，其具体数目已经很难再搞清楚。
二战结束后，在美苏大国意志的主宰之下，德国被分裂成东西两部分。由于原藏于柏林民俗学博物馆的文物和文献在二战期间被转移分藏在了各地，所以伴随着德国的分裂，原来的文物也分别归东西德国所有。东德所藏文献以写本为主，后全部归东德科学院历史与考古中央研究所（Zentralinstitut für Alte Geschichte und Archaologie）收藏。格伦威德尔、勒考克所获美术品主要藏在位于西德的印度艺术博物馆（Museum für Indische Kunst,SMPK）随着1989年的东欧巨变，东西德的统一，原东德收藏的包括梵文、粟特文、吐火罗语、突厥语、回鹘文、蒙古文、藏文、波斯文、帕提亚文，叙利亚文等多种胡语文献和约7000件汉文文书，全部入藏德国国家图书馆（Staatsbibligthek Preussischer Kulkurbsitz），又名普鲁士文化藏品图书馆，馆址在柏林。美术品资料仍然藏于印度艺术博物馆，其中，最早的艺术品为沮渠氏北凉时期（公元401—439年）宋庆及其妻张氏所造石塔。除艺术品外，也存有少量汉文文献，最早为段氏北凉神玺三年（公元399年），张施写《正法华经·光世音品》残卷。
除以上两个最主要的收藏单位外，德国吐鲁番考察队所获文物，还有一部分旧藏德国民族学博物馆，一部分新藏柏林勃兰登堡科学院“吐鲁番研究组”。民族学博物馆的藏品包括沮渠氏北凉流亡政权承平三年（公元455年）凉王大沮渠安周造寺公德碑、鞠氏王国重光二年（公元621年）前后主客长史阴尚阿宿造寺碑。可惜现在都已下落不明，很可能这些文物文献连同民族学博物馆一同在二战中被战火所毁坏。此外，还有一些梵文、吐火罗文和伊朗文资料由于研究者的原因，也即在原东德柏林勃兰登堡科学院的“吐鲁番研究组”，由于“吐鲁番研究组”研究者的需要而藏有一些这类资料，一旦工作完毕，这些文献材料还是要归还德国国家图书馆的。
关于德国收集品的研究，早在德国第一次吐鲁番考察队所获文物运送到柏林以后，就已经引起德国东方学家的高度重视，研究工作随之展开。在皮斯开尔教授的主持下于柏林成立了一个专门研究委员会，主要由沙宙（Sachau）、哈尔纳克（Harnack）、缪勒·哈特曼、弗伊、格伦威德尔等学者组成，着手对这批文献进行研究。缪勒教授从中释读出一些用福音体文字书写的很早以前就已灭绝的古代摩尼教文献。皮斯开尔发现了一部分由梵文书写的佛教经典，揭开了德藏吐鲁番文献研究工作的序幕。
总起来说，德国国家图书馆现藏的吐鲁番文献材料以回鹘语、伊朗语、梵文和汉语为主。回鹘文为维吾尔族先民回鹘人留下的文献，主要是从属于9世纪后半期开始的高昌回鹘或称亚洲回鹘，直到13世纪初畏吾尔王国的文献遗存。既有反映回鹘族佛教、摩尼教、景教等信仰的典籍，也有说明当时政府与百姓日常生活的公私文书，该文书的发现填补了高昌回鹘到畏吾尔王国时期吐鲁番当地史料的空白。
回鹘文研究方面，缪勒教授连续发表了《新疆吐鲁番出土福音体写本残卷》（一）、《新疆吐鲁番出土的福音体写本残卷》（二）、德国吐鲁番收集品中的一些中古伊朗语文献做了初步的解读，《新疆界吐鲁番出土的摩尼教文献》、《汉文大藏经中的波斯历法残片》。缪勒在《摩尼教的<赫马牧人书>段落》，《摩尼教赞美诗集的双抄页》中，刊出一、二件重要文献，最值得一提的也是为研究者所珍视的是《摩尼教赞美诗双抄页》，因为该文献序跋中有明确的纪年和供养人名而极具史料价值。
缪勒的研究开创了系统地刊布回鹘文写本的先例。同时，勒考克也是最早开始对突厥和回鹘文献进行整理工作者中的其中之一，他的主要贡献是刊布了《新疆吐鲁番发现的摩尼教徒忏罪悔过书》，又分三次发表了《高昌突厥语摩尼教文献集》。
继缪勒之后，负责回鹘文写本整理工作的是帮格（Wilhelm Bang1869—1934）及其弟子葛玛丽(A·von Gabain)。他们扩大了研究范围，除了继续以回鹘文本的研究作为重点以外，还对佛典、佛典注疏以及译自中原汉族文献的占卜书、密教文献等进行了研究。他们二人合作先后合编了《吐鲁番突厥语文献》，前五集至第六集是英国图书馆收藏的回鹘文《佛说天地八阳神咒经》的研究，第七集是拉合买提在汉学家艾伯哈特（Wolfram Eberhard 909—1989的协助下，刊布了回鹘文汉式占卜类文献，附有艾伯哈特对相关汉文写本的考释，1936年在柏林出版。
在缪勒教授的《摩尼教赞美诗集的双抄页》刊布后不久，又有瓦尔德施密特（E.Waldschmidt）和楞茨（Wolfgang Lentz）在研究敦煌汉文摩尼教《下部赞》的奠基性著作《耶酥在摩尼教中的地位》和《汉语和伊朗语文献中的摩尼教教义》二文中，利用德国藏中古波斯语、帕提亚语以及个别粟特语文献来判定汉文本的依据和某些汉语移民的来源。1932—1934年期间，恒宁（Walter Bruno Henning）编辑整理了安德列斯（F .C. Andreas） |
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